Связи между "коктейлем Яманаки" и коктейлем Lin28A/NANOG [OSNL]


Надеемся Синъя Яманака одобряет эту запись / фотокарточка: wikipedia.org

На сегодняшний день, в нашей базе данных накопилась некоторая критическая масса валидированных взаимодействий между генами, белками, РНК и микроРНК. Последние пол года мы сосредоточились как раз на микроРНК, т.к. баз данных по подобным взаимодействиям нет не только в России, но и в мире.

Открытия последних лет возвеличивают важность микроРНК и привлекают к ней все большее внимание научного соообщества.

Да и сами мы уже несколько раз сталкивались, что для решения поступающих задач нам приходится учитывать “фактор микроРНК” при анализе данных.

Существует несколько баз данных, например тайваньская mirRTarBase (http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/), в которой содержится несколько сотен взаимодействий, но, к сожалению, далеко не все из них валидированные. Многие взаимодействия всего лишь "предиктовые".

Что уж говорить про инструменты анализа сигнальных путей опосредованных микроРНК, -- они существуют лишь в платных и очень дорогих базах данных (которых сейчас чуть менее чем 2), да и то, покрытие по взаимодействиям микроРНК в них оставляет желать лучшего.

По этому мы набросали простенький инструмент визуализации сети взаимодействий с помощью cytoscape web (правда уже сейчас мы от него отказываемся и переходим на cytoscape.js + несколько других инструментов).

В качестве "подопытных кроликов" мы взяли гены, отвечающие за перепрограммирование клеток (клеточную дифференциацию), а именно 4 гена из "коктейля Яманаки" [OSKM)] (за которую он, совместно с Джоном Гёрдоном получил нобелевскую премию по медицине в 2012 году).

Вот первые 4 участника нашей сети: SOX2, KLF4, MYC, Oct4 (Pou5f1) [OSKM].

Само собой, клеточной дифференцировкой занимались не только Синъя Яманака с Джоном Гердоном, но и множество других сильнейших ученых нашей планеты.

Другой, чуть менее популярный коктейль для клеточной дифференцировки, также содержит 4 гена, причем два из них совпадают с "коктейлем Яманаки": Oct4 (Pou5f1), SOX2, NANOG, Lin28A [OSNL].

Итого в визуализации участвуют 6 генов: SOX2, KLF4, MYC, Oct4, NANOG, Lin28a.

Критерий построение нетворка: показывать только прямые взаимодействия между введенными 6 участниками, либо взаимодействия через одного общего агента. Иначе, если показать все взаимодействия, будет информационная перегрузка и обилие "волосяных шаров", обычно не несущих важной информации. Нетворк получается более “навороченный”, но абсолютно бестолковый и невозможный для восприятия. Это не наш метод.

Вот что у нас получилось в первом варианте:

Для начала скромно, но уже можно увидеть ключевых участников, ответственных за дифференцировку клеток.

Как видно на изображении, все 6 участников, за исключением Lin28a, крепко связаны, причем значимая часть сигналов регулируется микроРНК!

Этой записью открываем цикл публикаций, где мы будем рассказывать про инструменты, которые мы разрабатываем, а также задачи, которые мы решаем.

Add new comment

Filtered HTML

  • Web page addresses and e-mail addresses turn into links automatically.
  • Allowed HTML tags: <a> <em> <strong> <cite> <blockquote> <code> <ul> <ol> <li> <dl> <dt> <dd>
  • Lines and paragraphs break automatically.

Plain text

  • Web page addresses and e-mail addresses turn into links automatically.
  • Lines and paragraphs break automatically.
CAPTCHA
This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.
2 + 12 =
Solve this simple math problem and enter the result. E.g. for 1+3, enter 4.